石磨面粉機的加工效果與其制粉工藝關系密切。二次清粉提純工藝是將經過石磨面粉機一次清粉提純的胚乳收集起來，在進入第二道清粉機進行再清粉，使進入磨粉機的心料更純凈，加工出來的小麥粉灰分更低，精度更高。經過二次清粉提純工藝進入心磨系統的胚乳灰分在原基礎上可降低5%左右，從而可放心增大心磨系統的操作力度，配備強力撞擊松粉機甚至撞擊磨對磨研后的物料盡心強烈的撞擊，使系統取粉率提高到70%-80%，而不明顯增加小麥粉的灰分含量。